EP 1132020-07-312:29:24
基因組的美與亂
Manolis Kellis
計算生物學家 Kellis 從數位遺傳講到新冠病毒的演化，再談到工程師該學生物的「容錯」，最後落在孩子與生命的意義。
Manolis Kellis: Human Genome and Evolutionary Dynamics | Lex Fridman Podcast #113在 YouTube 看 ↗
重點6 條
- 遺傳是數位的，表現卻可以是連續的：Kellis 說生命每次複製都不會丟資訊，因為遺傳資訊是數位的；Mendel 的離散遺傳之所以看起來不成立，是因為身高這類性狀背後有成千個基因，每個只貢獻一點點，疊起來就像連續值。
- 人類有兩條遺傳路線：一條是從父母往下傳的基因，一條是靠教育、文化、網路橫向傳遞的想法。他說人類的幼年期特別長，大腦長時間保持可塑，拖得越久，父母把想法傳給孩子的機會就越多。
- 用演化特徵讀基因組：他博士班做的是比較多個物種的基因組，看一段序列是以蛋白質、RNA 還是調控序列的方式在演化。同一套方法後來用在新冠病毒上，他說 ORF10 不像蛋白質基因，ORF3a 裡面則藏著另一個小基因。
- 突變與選擇才是病毒的「聰明」：他說病毒不是聰明或惡意，傳得好又不致命的版本自然留下來；他舉 D614G 為例，說那個位置在蝙蝠間的演化裡從沒變過，進入人類之後卻變成主流。
- 基因組又亂又耐錯：他認為生物先求穩健、再求特化，基因加了新功能就靠複製再分工，打亂兩成的字母人也未必察覺；他主張工程師也該把容錯放在完美之前。
- 意義發生在接收的那一端：從腦機介面、翻譯、語源，一路談到他為 42 歲生日辦的「生命的意義」座談。他說話語在傳到聽的人身上之前是空的；養孩子則讓他成為不一樣的老師。
時間軸29 段
生命是數位的，Mendel 發現離散遺傳，Fisher 解釋它為何能長出連續性狀，再談人為何彼此這麼像。
任兩人有 99.9% 相同；另一種遺傳是想法的橫向傳遞，人類大腦的發育拖得很長，正好留給這種傳遞。
網路讓知識人人可得，代價是不再尊重專業，他主張教的不只是知識還有取得知識的方法。
從疫苗設計的速度談到怎麼自學新冠，先讀教科書，再看 Wikipedia，並稱它「淺但夠權威」。
人類族群裡幾乎每個位置都有突變可找，所以研究人本身反而比果蠅更直接，缺點是做不了組合式剔除。
他認為選擇背後還是化學受體，往上追只是把問題往後推，並用天氣預測類比。
他直接說是胡扯，沒有實證；當成思想實驗他覺得可愛，但用奧坎剃刀來看，機率是零。
他說自己用電腦科學來理解生物，並解釋神經網路為何好用，是因為它們配合的是我們所處的物理世界。
他把 LIGO 看成替人類加了一個新感官，也猜想還有我們沒感應到的訊號。
他覺得現在是當人類的好時機，並談對自己論文的看法：媒體注意的不見得是最基礎的。
他博士班論文：比較多物種基因組，用不同序列的變化模式區分蛋白質、RNA 與調控序列。
套用到 SARS-CoV-2，說 ORF10 不是蛋白質，ORF3a 裡另有一個小基因。
與環境接觸的蛋白質演化得比內部的快，因為每換一種宿主就得重新適應。
他認為聰明的是選擇機制，不是病毒，並說病毒不想殺死宿主。
逐步講一條病毒 RNA 怎麼讓人類細胞只製造病毒蛋白質。
他不擔心人類會滅絕，並以瘧疾與鐮刀型貧血、肥胖風險基因、免疫多樣性為例。
他說這次的病毒不是人為設計的：最近的親戚在一個從沒感染過人的分支，要設計也不會從那裡下手；並說明 S1 在冠狀病毒之間本來就會重組。
他談疫苗接種率、各國死亡人數差異，以及過度乾淨的環境與過敏。
他說運動加飲食才是對各種疾病都有用的辦法，也提到自己實驗室在做的單細胞研究。
他說最個人化的營養建議跟腸道菌比較有關，之後解釋安慰劑效應代表我們不懂心智與身體的交互作用。
基因組沒有 go-to，靠短序列標記來決定誰被開啟，而且容錯性極高。
病毒精簡是由大變小的結果，並以酵母的整套基因組複製為例說明演化靠複製再分工。
這個位置在蝙蝠病毒裡從未變過，進入人類後頻率大幅上升。
他主張工程師要把穩健放在完美之前，演化的做法是先變差才爬上新的高點。
他認為說話是把想法壓縮再展開，誤解本身可以產生新想法。
他認為輸出端可以靠訓練大腦去配合機器，很有希望；要把資訊直接送進大腦則遙遠，語言還會是主要的輸入方式。
他從語源談到一個詞的歷史包袱，並說意義是在接收端才完成的。
他描述為 42 歲生日辦的座談，邀了 42 人各講七分鐘，並提到一位朋友對「become one」的三種解讀。
疫情期間他每天從早上六點做到晚上七點，週末也不停，並談為什麼養育孩子讓他成為更好的老師。